בקר המטענים השמיים הוא חלק קריטי במערכת האנרגיה השמשית כיוון שהוא מפקח על מטענת הבקבוקים. הוא מפקח על זרם החשמל שמגיע מהلوحות השמיים אל הבקבוקים כדי למנוע מטענה יתר, שחרור עמוק וחסימת חשמל. בקר מטענים זמינים בטכנולוגיות שונות כמו PWM ו-MPPT, כאשר האחרון הוא יעיל יותר בהוצאת אנרגיה מהלוחות השמיים. הוא אופטימיזה את תהליך מטענת השמש כדי לוודא שהבקבוקים יחזיקו זמן רב והמערכת כלולה תפעל היטב.